（一）綜合科。負責文電、檔案、后勤等日常協調、運轉工作，承擔黨的建設、督查督辦、人事管理和考核、資金和財務管理、生態環境保護宣傳教育及科普等工作。
（二）環境綜合管理科。負責生態環境保護綜合性規劃、生態環保督察、生態文明體制改革、生態環境科技發展、環境安全和應急、生態環境損害賠償等工作。
（三）水環境管理科。負責水環境、土壤環境管理，固體廢物、化學品及重金屬等污染防治工作，承擔高新區河長辦公室日常工作。
（四）大氣環境管理科。負責大氣、機動車、噪聲、光、惡臭等污染防治的監督管理。負責核與輻射安全的監督管理，承擔大氣重污染天氣應急相關工作。
（五）水資源管理科。負責水資源管理、水資源評價、水資源保護規劃、河道管理、調水、節約用水、生態流量水量管理以及水系連通規劃工作，負責水土保持監督和水文工作，承擔水旱災害防御工作。
（六）行政許可服務科。負責生態環境和水利行政許可事項審批服務，負責應對氣候變化、污染物總量管控、環保“三同時”管理工作，承擔政務接件大廳工作。
（七）生態環境監測科（站）。承擔區域生態環境質量監測、污染源監督性監測、執法監測、突發環境污染事件應急監測、溫室氣體監測；負責評估區域生態環境質量并進行預測預警；負責生態環境統計工作。
